生物有机肥是将微生物与禽畜粪便或农作物秸秆等经过无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的兼具微生物肥料和有机肥肥效的肥料，生物有机肥含的营养物质比较全面，含有氮、磷、钾及钙、镁、硫、铁等一些微量元素。生物有机肥制作有些复杂，需要购置有机肥设备。
农家肥的种类繁多且来源广，数量大，农民可自行将禽畜粪便、厩肥或农作物秸秆等混淆，堆积而制成有机肥料，成本比较低，操作简单。
农家肥与生物有机肥的区别：
1，有益微生物含量不同
生物有机肥含有大量的有益微生物，有益微生物的运动可以改良土壤促进被土壤固定养分的释放，抑制有害微生物的生长，促进农作物的生长。
农家肥有益微生物含量较少，有害微生物可以与有益微生物共生。
2，肥效不同
生物有机肥发酵时间短，腐熟彻底，养分损失少，肥效相对较快。农家肥通常是在露天长时间堆积，养分特别是氮素损失会比较多，肥效比较迟缓。
3，安全性不同
生物有机肥经过有益微生物的作用以及完全发酵腐熟，虫卵死亡率达到95%以上，基本消灭了禽畜粪便中原有的对农作物有害的虫卵和病原菌，且不会造成农作物烧根烧苗的现象。
农家肥堆放简单，自然发酵，腐熟不彻底，虫卵死亡率低，且用量稍大，就会出现烧根烧苗，导致减产的后果。
4，易用性不同
生物有机肥经过发酵处理后没有臭味，施用方便，施肥均匀。
农家肥有很大的恶臭味，且施用起来不方便，肥料施用不均匀。