有机肥发酵技术大体分为两种：好氧发酵和厌氧发酵。好氧发酵是好氧微生物在有氧情况下依靠自身的生命活动对有机物进行生物降解的发酵过程。
厌氧发酵工艺简单、成本低廉，但是会导致粪堆发酵不彻底、养份损失严重。好氧发酵其发酵强度和彻底程度远优于厌氧发酵。好氧发酵发酵彻底，保证养分无损失。虾面列举好氧发酵的特点：
1，工艺复杂
透气性：良好的透气性好可以增加好氧菌的繁殖；水份：合适的水份使发酵粪保温在50度以上，保证粪堆彻底腐熟，水份过大或过少都会影响粪堆的腐熟彻底度；搅拌：搅拌均匀使发酵程度均匀，除臭完全，搅拌不均匀会影响有机肥的质量；菌种：好氧发酵需要添加适量的发酵菌种。
2、成本较高
好氧发酵建厂会增加费用，在发酵过程中需要使用到有机肥发酵翻抛车等有机肥发酵设备。有机肥设备会产生相应的耗油、耗电费用。
3、发酵彻底
有氧发酵通过翻抛及时排除有害气体；在发酵过程中，这种高温堆腐可以把粪堆中的虫卵及有害微生物等杀死，大肠杆菌等杂菌也被消灭，达到有机肥无害化处理的目的。
4、养份无损失
有氧发酵在发酵过程中会进行严格环测及控制温度，并做到粪堆及时翻抛，防止温度过高杀死有机肥里面的全部微生物造成养份的损失。